U Specijalnoj bolnici se organizuju sledeće jedinice:
1. Uprava
2. Služba za bolničko lečenje i rehabilitaciju odraslih sa dnevnom bolnicom
3. Služba za bolničko lečenje i rehabilitaciju dece sa dnevnom bolnicom
4. Služba za specijalističko konsultativne preglede sa laboratorijom i rentgen dijagnostikom
5. Bolnička apoteka
6. Služba za pravne i ekonomsko-finansijske poslove
7. Služba za tehničke i druge slične poslove
